Сейчас Бурейская ГЭС сбрасывает 3296 кубометров воды в секунду. Через гидроагрегаты проходит 1048 кубометров, через водосброс — 2248 кубов. Станция работает в соответствии с режимом, установленным Федеральным агентством водных ресурсов в лице Амурского бассейнового водного управления.